La Facultad de Ciencias Naturales, Exactas y Tecnología, tuvo su origen en el año 1935 como Colegio Central de Artes y Ciencias.
La Universidad comenzó a funcionar con Departamentos. En el campo científico se establecieron cuatro, a saber: Biología, Física, Matemática y Química, y Farmacia. Luego de algunos años de maduración y afianzamiento académico, el Consejo de Profesores, en su sesión del 2 de junio de 1938, aprueba la creación de la Facultad de Ciencias. La Facultad de Ciencias albergó, en su seno, a una de las dos escuelas más antiguas que funcionaban en Panamá, la Escuela Nacional de Farmacia, que fundara en el año 1920, el Doctor Octavio Méndez Pereira.
Es así, como la Facultad de Ciencias entra a regir en mayo de 1939 con la descripción siguiente:
"En esta Facultad se da la enseñanza preparatoria de Medicina; se preparan profesionales técnicos e investigadores, se imparten cursos de Farmacia; y se coopera además, con la sección de educación en la formación de profesores secundarios de Ciencias Naturales (Botánica, Zoología, Física y Química). Se imparte también la enseñanza preparatoria de Ingeniería, que abarca un período de dos años de estudios, con un año más para ganar el título de Ayudante de Ingeniero".
En 1951,la Facultad de Ciencias se divide en dos Facultades nuevas: la Facultad de Ciencias Puras (incluía Matemática y Física, Biología, Química y Física), y la Facultad de Ciencias Médicas (incluía Farmacia y Pre-Medicina). El 2 de Julio de 1953, el Consejo Directivo le asigna el nombre de Facultad de Ciencias Naturales y Farmacia, formando entonces dicha Facultad las siguientes Escuelas: Farmacia, Biología y Química; Matemática y Física; Química y Física; Agronomía (desde 1958). En 1954, se amplió la Facultad con un anexo que comprendía laboratorios especializados para trabajos de investigación y el edificio donde está ubicado actualmente el Auditorio Dr. Bernardo Lombardo(A-11).
Durante el periodo comprendido entre 1962-1964, como producto del aumento de la matrícula, la tendencia expansiva del conocimiento científico y la separación de la Escuela de Agronomía, que se constituyó en Facultad en 1965, se hizo evidente la necesidad de reestructurar la Facultad de la forma siguiente: Escuelas de Biología, Farmacia, Física, Matemática, Química y Enfermería.
Debido al crecimiento acelerado de la población de la Facultad y el cambio cualitativo sufrido por la Facultad en las áreas de investigación, extensión, docencia y servicios, y visualizando un mejor desarrollo de las especialidades,se crean los Centro de Investigaciones de: Ciencias del Mar y Limonología (CCML),Centro de Investigación con Técnicas Nucleares(CITEN), Criobiología (CIC) y el Centro de investigaciones para el Mejoramiento de la Enseñanza de las Ciencias Naturales y Exactas (CIMECNE). En virtud de la Resolución 2-85, del 30 de enero de 1985, el Consejo Académico aprueba la división de la Facultad de Ciencias Naturales y Farmacia creando las facultades de Enfermería y Farmacia. De igual forma, en atención a los cambios producidos en su estructura, mediante la misma resolución se modifica el nombre de "Facultad de Ciencias Naturales y Farmacia" a "Facultad de Ciencias Naturales y Exactas", conformada por las Escuelas de Biología, Física, Matemática, Química, Estadística y el Centro de Ciencias del Mar y Limnología. Luego, como resultado de las mismas tendencias, en el año 1987 se adopta la estructura de departamentos y se crean los departamentos de Física, Matemática, Estadística, Química, Genética, Botánica, Fisiología y Comportamiento Animal Microbiología y Parasitología, Biología Acuática y Zoología. En 1989 se inicia la Maestría en Matemática con especialización en Investigación de Operaciones.
En la década de los 90 se formaliza la creación del Centro de Estudios de Recursos Bióticos(CEREB) y el Centro de Investigación de Operaciones para el Desarrollo, las Ciencias y la Tecnología (CENIO). El 29 de abril de 1992 mediante el Consejo Académico No. 10-92 se crea la carrera de Licenciatura en Ingeniería Electrónica y Comunicación. El 23 de marzo de 1994 mediante Consejo Académico No. 10-94 se crea la carrera de Ingeniería en Informática. Las Escuelas de Ingeniería Electrónica y Comunicación y de Ingeniería en Informática fueron creadas el 28 de septiembre de 1994, mediante el Consejo Académico No. 34-94. El 11 de septiembre de 1996, el Consejo Académico de la Universidad (#36-96) aprobó la actualización del nombre, de "Facultad de Ciencias Naturales y Exactas" a "Facultad de Ciencias Naturales Exactas y Tecnología" y se crea el Departamento de Ingeniería Electrónica y Comunicación. Se aprueban las Maestrías en: Ciencias con Especialidad en Educación Científica, Maestría en Ciencias Ambientales, Maestría en Ciencias Química y el Postgrado de especialización en Estadística Aplicada.
El 3 de mayo de 2000, las Escuelas de Ingeniería Informática, y de Ingeniería Electrónica y Comunicación con el Departamento de Ing. Electrónica y Comunicación, se constituyen en Facultad de Informática y Electrónica y Comunicación, aprobado por el Consejo Académico 19-2000, según Resolución No. 27-2000/SGP. En ese mismo año se crea el Centro de Investigación y Consultoría Estadística, en Consejo Académico del 6 de septiembre de 2000. El 21 de enero de 2001, se aprueba en Consejo Académico la segregación del Departamento de Química, en cinco departamentos: Química Inorgánica, Química Orgánica, Bioquímica, Química Analítica, Química-Física. En cuanto a la oferta académica, se duplicó el número de carreras técnicas, de licenciatura entre ellas: las Docencias en Física, Biología, Química, Matemática; Tecnología Química Industrial, Ingenierías en Topografía y Geodesia; y de programas de especialización como: Gestión de Recursos Naturales y Ambiente; y Maestrías en: Estadística Aplicada, Matemática Pura, Matemática Educativa , Ciencias Marinas y Limnología, Microbiología Ambiental, Ingeniería Financiera y Actuarial, Química y Física. La Revista Tecnociencia que fue creada en 1990 logra gran visibilidad al indexarse en latin index. Cabe mencionar que Tecnociencia es reconocida como la primera revista indexada de la Universidad de Panamá y actualmente puede accesarse electrónicamente.
En el año 2010 se crea el Departamento de Ciencias Ambientales. En el año 2011 se formaliza, en la estructura de la Universidad de Panamá, la creación de los Museos de Fauna de la Facultad: Vertebrados, Invertebrados G.B.Fairchild, Malacología; el Herbario PMA y el Cepario de Drosophila melanogaster, y en el año 2012 el de Biología Marina y Limnología “Dr.Luis Howell Rivero”.
